与早年许多在教廷允许(Papal Charter)成立的大学不同,爱丁堡大学在苏格兰国王詹姆斯六世(James VI)的允许(Royal Charter)和爱丁堡市议会(Town Council)的资助下于1582年展开筹建。翌年大学正式成立,作为欧洲宗教改革运动之后的第一所市立大学(Civic University),爱丁堡大学是苏格兰的第4所也是整个英语世界的第6所大学。
爱丁堡大学的建立归功于奥克尼群岛首府柯克沃尔的圣马格努斯大教堂的主教罗伯特·里德,他在1558年去世后将其财产遗留下来作为大学最初的创建基金,并由爱丁堡镇议会(Edinburgh Town Council)付诸实施,最终在多方努力下于1582年由詹姆斯六世颁发皇家宪章而成立,当年为1582年。因为当时的大学都是由教宗诏书创立的,这便非同寻常。1583年开始在一名年轻的圣安德鲁斯大学毕业生Robert Rollock的管理下授课。这是当时第四所苏格兰大学,而同期英格兰只有牛剑两所。大学最初名为唐尼斯学院(Tounis College),1617年改名为詹姆斯国王学院(King James's College)。18世纪时爱丁堡大学成为了欧洲启蒙运动的中心之一。